Quyền lợi cư dân Hồng Kông được chương 3 bảo đảm, Điều 39 cũng áp dụng các điều khoản của Công ước Quốc tế Quyền lợi Chính trị Công dân, Công ước Quốc tế Quyền lợi Văn hóa Xã hội Kinh tế và các công ước lao động quốc tế khác có hiệu lực ở Hồng Kông trước năm 1997.[21] Trong khi hầu hết Công ước Quyền lợi Chính Dân đều phê chuẩn thành Điều lệ Pháp án Nhân quyền có ngôn ngữ tương đương,[22]:527 không có luật để thi hành Công ước Quyền lợi Văn Xã Kinh.

Quyền lợi cư dân

Mọi cư dân Hồng Kông đều bình đẳng trước pháp luật và có tự do ngôn luận, báo chí xuất bản, lập hội, hội họp, diển hành biểu tình, giao lưu, đi lại, lương tâm, tín ngưỡng tôn giáo, hôn nhân và quyền, tự do thành lập gia nhập công đoàn và đình công.[21] Tự do cá nhân của cư dân Hương Cảng sẽ luôn bất khả xâm phạm. Cư dân Hồng Kông không thể bị tùy ý hoặc phi pháp bắt bớ, giam giữ hay cầm tù, khám xét thân thể một cách tùy tiện hoặc trái luật, tước đoạt hay hạn chế tự do cá nhân, tra tấn hoặc tước đoạt sinh mạng tùy ý hay vi pháp, đều cấm chỉ.[21]

Cuối năm 2015 năm nhân viên tiệm sách bán sách vở, tạp chí cấm ở Trung Quốc biến mất, ít nhất hai trong khi ở đại lục, một ở Thái Lan; một người lần cuối thấy ở Hồng Kông trước khi tái xuất ở Thâm Quyến mà không có giấy tờ đi lại cần thiết. Dù phản ứng với các vụ mất tích tháng 10 lặng thinh—biến mất vô lý và giam giữ hành chính dài hạn không lạ gì ở đại lục—[23] sự biến mất vô tiền của một người từ Hồng Kông cùng các sự kiện kì quái xung quanh lay chuyển thành phố và kết tinh mối lo ngại quốc tế về khả năng các nhân viên cục công an bắt cóc cư dân Hương Cảng và cưỡng bách dẫn độ, vi phạm vài điều khoản Luật Cơ bản cùng nguyên tắc "một nước hai chế".[24][25][26] Nghi vấn lan rộng năm người bị giam ở đại lục sau được chứng minh bằng các đoạn phim "tự thú" nghi là dàn dựng cùng lời khẳng định họ ở lại Trung Quốc tự nguyện.[25] Tháng 6 năm 2016 một trong năm người Lâm Vinh Cơ tiết lộ trong cuộc họp báo kịch tích ông cùng người khác đã bị giữ trái lệ và Lee Po đúng là đã bị bắt cóc trái luật từ Hương Cảng, tất cả do "Đội Điều tra Trung ương" mờ ám ("中央專案組" hoặc "中央調查組").[27]

Điều 95 ấn định hỗ trợ tư pháp giữa Hồng Kông và Trung Quốc, nhưng các vấn đề nghiêm trọng như tử hình vẫn cản trở sự đồng ý về dẫn độ. Ngoài ra thì chính quyền Hương Cảng đã nêu Điều 6, 7 Bộ Hình luật Trung Quốc không cho Hồng Kông thẩm quyền duy nhất về hình sự, đặc biệt khi phạm tội bên kia biên giới Khu Đặc chính hoặc tỉnh. Sự thái hiện tại là Hồng Kông sẽ yêu cầu trả cư dân đã phạm tội tại Hương Cảng, sau bị bắt ở đại lục, còn dân đại lục phạm tội ở Hồng Kông và trốn về Trung Quốc thì xử ở Trung Quốc; trong các trường hợp thẩm quyền chung Quốc vụ Viện đã yêu cầu xét xử ở Trung Quốc. Các nhân vật có tiếng như giáo sư Trần Hoằng Nghị và chủ tịch ban thẩm phán Hương Cảng của Ủy ban Pháp học gia Quốc tế Lý Chí Hỷ cảm thấy tình hình có hậu quả hệ trọng cho độc lập tư pháp ở Hồng Kông.

Quyền lợi chính trị

Cư dân thường trú Hồng Kông có quyền bầu cử, ứng cử theo pháp luật.[21]

Chế độ phổ tuyển cho bầu cử Trưởng quan Hành chính năm 2007 và mọi ghế Hội Lập pháp năm 2008 không bị trừ theo Điều 45 và 68 Luật Cơ bản. Các chính khách, chuyên gia pháp lý thân Bắc Kinh ở đại lục cho rằng sẽ vi pham "nguyên tắc tiến bộ dần dần có trật tự" và yêu cầu "theo hoàn cảnh thật sự" trong hai Điều 45, 68. Cuối cùng ngày 26 tháng 4 năm 2004 Ủy ban Thường vụ giải thích Luật Cơ bản giải quyết tranh chấp, loại trừ khả năng phổ tuyển cho năm 2007 và 2008.